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    許多研究人員相信遺傳性缺失（missing heritability）現象的解釋存在與少數人（少于2%）攜帶的罕見突變。這些突變可能對患病風險有更大影響，介于影響較小的常見突變與極為罕見的孟德爾疾病突變之間。為了尋找處于中間地帶的突變，研究人員正借助新一代測序等方法快速解析數千人的外顯子組（基因組那1%的蛋白編碼區域）。

    不過，這類對常見病有重要影響的罕見突變依然很難找。NIH旗下心肺、血液研究所的外顯子組測序項目ESP對6700個外顯子組進行了測序，樣本來自患有特定心肺或血液疾病（或有高血壓等指標）的歐洲和非洲裔人。研究顯示，大多數疾病相關突變都極為罕見：往往一組里面只有一個人攜帶。于是研究人員又分析了位于同一基因上的多個突變，證實了一些已知關聯。例如，APOC3與的血液中甘油酸三酯水平低有關。此外，與甘油酸三酯水平有關的APOA5基因上的一系列突變，會使心臟病早發風險提高2.3倍。不過總的來說，其他疾病風險相關突變的作用并沒有預想那么大。

    會議上還有兩項大型糖尿病外顯子組研究報告了初步結果。其中T2D-GENES Consortium分析了5300個（計劃10000個）二型糖尿病患者的外顯子組，據密歇根大學的Tanya Teslovich介紹，他們發現PAX4基因的SNP與東亞人二型糖尿病有關，該研究未找到任何有很大影響的低頻突變。而另一項GoT2D糖尿病研究得到了2700位患者的外顯子組和全基因組數據，據Broad研究院的博后Jason Flannick介紹，他們在尋找類似低頻突變的過程中也未有積極進展。

    “目前還為找到對疾病影響大的低頻突變，不過這可能也并不稀奇。”GoT2D項目主要研究者McCarthy說。因為今年早些時候有研究指出，在5000年前人口曾經歷爆炸式增長。這在理論上會形成許多非常罕見的基因突變，這些突變很可能對疾病有影響但還未能在自然選擇中被淘汰，要尋找這些罕見的疾病風險相關突變，可能需要對數萬人的基因組進行分析。

    一些遺傳學家正熱切希望能夠將各外顯子組研究的數據結合起來，從而進行足夠大量的分析。Leal指出，有時也可以在GWAS分析中尋找外顯子組研究所發現的罕見突變。此外在家族或隔離人群中尋找罕見突變也不失為一種潛在途徑。

    也有些科學家認為遺傳性缺失是源自于基因相互作用，Johns Hopkins大學的Harry Dietz就是其中之一。Dietz援引了自己對Marfan綜合癥的研究，這種疾病涉及一個主要基因與其他基因突變的相互作用。他指出，要找出常見疾病中的這類相互作用需要成千上萬的樣本。