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由于患者人群和診斷方法的差異,不同作者報道的醫院獲得性肺炎的致病菌也有所不同。然而,總的來說,細菌仍然是最為常見的致病菌(表15)。 Schaberg等人報道,1986~1989年的所有分離菌株中,需氧細菌至少占73%,真菌占4%,厭氧菌、軍團菌和病毒極少,這可能與上述致病菌的特殊檢查在醫院中并非常規進行有關。另一方面,大多數資料是依據痰培養的結果,其可靠程度不一。醫院獲得性細菌性肺炎常為多種致病菌所致,革蘭陰性桿菌是主要的致病菌,其中銅綠假單胞菌是最為常見的致病菌。然而,金黃色葡萄球菌尤其是耐苯唑青霉素的金黃色葡萄球菌(MRSA)和其它革蘭陽性球菌如肺炎鏈球菌也逐漸成為重要的致病菌。在接受機械通氣的患者,嗜血流感桿菌也是常見的致病菌之一。有些研究發現,一些革蘭陰性桿菌的分離有明顯的季節性,如不動桿菌屬在夏季和初秋分離最多,而克虜伯菌屬腸桿菌屬、沙雷菌屬和銅綠假單胞菌在夏末最為多見。19861989年間NNIS的資料顯示,醫院獲得性肺炎的致病菌中,腸桿菌科細菌占首位(32%),銅綠假單胞菌(17%)和金黃色葡萄球菌(16%)分列第二和第三位,進一步的變化尚有待流行病學調查。

厭氧菌在醫院獲得性肺炎中的重要性尚不明確。不同作者報道厭氧菌的比例7%~35%不等。由于目前用于治療醫院獲得性肺炎的抗生素大多對厭氧菌的效果較差,厭氧菌的感染更應得到應有的重視。軍團菌屬和病毒感染的發生率尚缺乏確切的數據,但其重要性也越來越得到關注。其它一些少見的致病菌如奴卡菌屬、分枝桿菌屬(包括不典型分枝桿菌)、衣原體、曲霉菌屬和其它真菌、巨細胞病毒、單純皰疹病毒或水痘病毒、卡氏肺囊蟲及弓形蟲等,在免疫功能低下的患者尤其應該注意,但上述病原體的感染很少是在醫院獲得的。