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　　論文主題詞選擇當論文標引概念確立以后，接下來便是選擇主題詞.選擇主題詞主要是為正確表達主題概念。一篇論文的情報內容，是否能選用一些恰當的主題詞來準確全面地表達出來，這也是保證達到較高利用率的重要條件之一，而哪些語詞是主題詞，哪些語詞不是主題詞，哪一概念用哪一主題詞(或哪幾個主題詞的組配)來表達，必須有非常明確的規定，不致造成混亂，使主題詞系統保持較高的檢索效率。這就要求使用主題詞表，主題詞表對主題詞做了嚴格的規定。也就是講，標引用詞必須是詞表中的正式主題詞，并且書寫形式應與詞表中的表達形式完全一致;標引用詞必須首先選用詞表中最切合文獻主題的專指詞標引，一般不得選用其上位詞或下位詞標引。當詞表中沒有專指度相等的主題詞時，則選用2個(有時也可能用3個)最直接的上位詞或近義詞、最相關的主題詞標引。當用上位主題詞或近義詞標引也不合適時，可用一個自然語詞附于上位主題詞后作限定，或增補新詞。

　　論文主題詞的組配在采用文獻主題詞法的文獻標引過程中，絕大部分的主題都需使用組配方法來表達.組配是用兩個或兩個以上主題詞組合起來表達一個文獻主題，用主題詞組配的方法來表達文獻主題，可以控制詞匯量，用少量有計劃的選定主題詞即能表達大量的文獻主題概念，但如組配不當，會造成誤差，降低論文的使用效率，因此，歸納醫學文獻最常用的難度較大的組配標引模式有以下幾種：①當A疾病引起B疾病，A疾病之后組配/并發癥，B疾病之后組配/病因學，并且致病因素常作為主要標引.組配模式：A疾病/并發癥，B疾病/病因學.②當A疾病與B疾病同時存在，但并未指明相互間因果關系時，A、B兩疾病之后都與/并發癥組配.組配模式：A疾病/并發癥，B疾病/并發癥.例：眼弓形體病并發沙眼，標引：沙眼/并發癥弓形體病，眼/并發癥.③疾病狀態下某器官組織及細胞的解剖結構，組配模式：疾病/病理學，器官(組織細胞)/病理學.這里與/病理學組配指的是與正常器官結構的不同，只闡明組織的不是疾病的同義語和代名詞.④當實施某種治療技術而產生的某種疾病時，組配模式：疾病/病因學，技術操作(物理作用劑)/副作用，例：剖腹產術引起膀胱陰道瘺，標引：膀胱陰道瘺/病因學;剖腹產/副作用.⑤某種疾病情況下從某器官分離出某種病原體組配模式：疾病/微生物學，器官/微生物學，病原體/分離與提純.⑥某種疾病情況下，某器官對某藥或化學物質的代謝：組配模式：疾病/代謝，器官/代謝，藥物或化學物質/代謝，如甲狀腺疾病病人腎的晚碘化作用，標引：甲狀腺疾病/代謝，腎/代謝，碘/代謝，也就是說凡文章篇名中出現的結合、破壞、裂變、轉變、降解、摻入、組合、調動、釋放、儲存傳輸、轉化、利用、攝取、水解、氧化、去甲基化、脫羧化、燒化、酯化、羥化等字樣均可標/代謝.⑦某疾病狀態下某器官內某種化學物質的定性或定量分析：組配模式：疾病/代謝、器官/化學、藥物或化學物質/分析.如腎性高血壓患者腎臟中鈉含量的測定，標引：腎性高血壓/代謝、腎/化學、鈉/分析.