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深部真菌感染患病率的逐漸增加,實際上是針對多種疾病進形成功的外科及內科治療的反應。上述疾病包括對于惡性腫瘤和自身免疫性疾病的細胞毒性治療,器官和骨髓抑制的免疫抑制治療。廣譜抗生素和各種靜脈內導管的廣泛應用,胃腸外營養,人造材料和反復徹底的手術使得真菌感染的問題更加復雜化。任何原因引起的長期中性粒細胞缺乏,是深部真菌感染的重要易感因素，過去10年內AIDS的廣泛傳播,為深部真菌感染的發生提供了另一組高危人群。
在影響患者真菌感染危險程度的各種因素中,最為重要的是免疫系統狀況。無論何種原因造成的免疫系統功能障礙,特別當患者并發中性粒細胞缺乏時,真菌侵入的危險性大為增加。另外,反復與大量真菌接觸也能增加感染的危險性,即使是那些環境中常見的或正常情況下皮膚表面的定居菌。若患者接觸致病性真菌或既往曾患真菌感染,此時全身性真菌感染的可能性大大增加。
與免疫系統狀況相對正常的惠者相比,免疫功能抑制的患者其真菌感染發展迅速,且更為兇險,導致病死率升高。在更為準確的早期診斷方法出現之前,高度警惕并早期治療(常常是經驗性治療)是必要的。應當對每一個免疫系統障礙的患者評價真茵感染的危險性。所有的真菌均應認為是可能的致病菌。