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瀉是使用抗生素的常見并發癥;其嚴重程度和臨床過程差多數醫院獲得性腹瀉的致病菌并不明確;那些能夠確定病菌的腹瀉常常由難辨梭狀芽孢桿菌( Clostridium difficile起。如果現有檢查無法確定致病菌,則稱為原因不明。
(1)難辨梭狀芽孢桿菌:概言之,糞便標本中難辨梭狀芽孢桿菌毒素A或B檢驗陽性,提示這種細菌是抗生素相關性腹瀉的病原菌。但是,許多實驗室資料顯示,僅10%~25%的病例，難辨梭狀芽孢桿菌毒素檢測呈陽性結果。這表明在多數抗生素相關性腹瀉,病原菌不明。
(2)其它微生物病原菌:某些抗生素相關性腹瀉的病例尤其它腸道致病菌引起,如:①沙門菌( Salmonella):沙門菌屬的細菌較少引起抗生素相關性腹瀉。而且,沙門菌在糞便培養中很容易檢測;②產氣莢膜桿菌( Clostridium perfringens):偶爾致病菌為產腸道毒素的產氣莢膜桿菌,約占抗生素相關性腹瀉的1.5%。但多數醫院的實驗室不具備檢測產氣莢膜桿菌的技術而且也缺乏相應的治療措施;③白色念珠菌( Candida albicans)80%的接受抗生素治療患者的糞便中可以分離出這種微生物,因此它在導致腹瀉方面的作用尚存在很大爭議。一項有關抗生素相關性腹瀉患者的研究發現,患者糞便中念珠菌屬的濃度很高,而且對新霉素的治療反應很好。但是,其它研究并未得到類似結果;④金黃色葡萄球菌( Staphylococcus aureus):這種微生物曾被認為是偽膜性腸炎的致病菌,因此口服萬古霉素成為經典的治療選擇。目前,多數研究者發現,1950年前后有關金黃色葡萄球菌的報導僅僅反應當時的一種觀點,即金黃色葡萄球菌是院內感染的重要致病菌。因此,萬古霉素雖然是治療抗生素相關性腹瀉的正確藥物,但最初選擇萬古霉素的原因卻是錯誤的。(3)非感染性病因:值得指出的是,患者經常由于接受其它藥物或腸道喂養而發生腹瀉。同時,腹瀉也可能由胃腸道的原發疾病引起。
(4)相關抗生素:患者在接受抗生素治療2周內發生腹瀉時,應當懷疑為難辨梭狀芽孢桿菌引起的腸道疾患。幾乎所有的抗生素均可引起這種醫源性并發癥,但是最常引起腹瀉的三種抗生素為氯林可霉素、氨芐青霉素和頭孢菌素。
使用氯林可霉素后,抗生素相關性腹瀉的患病率為6%。在醫院中,頭孢菌素是最常見引起腹瀉的原因,這與它們的廣泛應用是密切相關的。