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60~70年代期間,革蘭陰性桿菌是醫院感染最為重要和常見的致病菌。90年代以來,革蘭陽性球菌的感染發生率逐漸上升,在ICU中甚至高達50%以上。從世界范圍看,當前最主要的致病菌是革蘭陽性球菌(包括凝固酶陰性葡萄球菌、金黃色葡萄球菌以及腸球菌等),某些少見的革蘭陰性桿菌(嗜麥芽黃單胞菌)和真菌。美國的資料表明,在血行性感染的致病菌中,革蘭陽性球菌的比例更高達63%。EPIC的資料顯示,金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、凝固酶陰性葡萄球菌、念珠菌、大腸桿菌、腸球菌、不動桿菌、克雷白桿菌、鏈球菌和腸桿菌是最為常見的致病菌。北京協和醫院ICU的統計也顯示,1989年至1994年間危重病患者醫院感染的致病菌中,革蘭陽性球菌的比例已從16%上升至33%

除致病菌種類的變化外,致病菌的另一個重要變化趨勢即耐藥菌株尤其是多重耐藥菌株普遍出現(表12)。此外,耐青霉素的肺炎鏈球菌、鮑曼不動桿菌、凝固酶陰性葡萄球菌和嗜麥芽黃單胞菌等也是常見的耐藥菌。北京協和醫院ICU的資料表明,近6年來危重病患者醫院感染的主要致病菌為綠膿桿菌、不動桿菌、耐苯唑青霉素的金黃色葡萄球菌(MRSA)、耐苯唑青霉素的表皮葡萄球菌(MRSE)及耐萬古霉素的腸球菌等,藥敏結果均顯示其多重耐藥性。其中,嗜麥芽黃單胞菌、MRSA、MRSE腸球菌檢出率的增加最為顯著。