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    所有中樞神經系統感染都應作為結核性腦膜炎的鑒別診斷加以考慮，其中特別是真菌性腦膜炎，治療不全的細菌性腦膜炎，病毒性腦膜炎和病毒性腦炎等更易于結核性腦膜炎混淆。腦脊液中檢出隱球菌抗原或陽性墨汁染色對診斷新型隱球菌腦膜炎極為敏感又有特異性。測定凝集試驗，乳膠補體結核試驗和對流免疫電泳皆有助于確定治療不全的細菌性腦膜炎。　　

    病毒性腦膜炎的腦脊液蛋白增高罕有超過200mg/dl，而95%的病例腦脊液糖濃度正常，一小部分病例的糖濃度也只是輕微減低；腦脊液中的白細胞也從以多形核細胞為主在24小時內迅速轉變為以淋巴細胞為主。病毒性腦炎腦脊液的糖濃度一般在正常范圍。個別病例可輕度降低。　　

    其他需要考慮的鑒別診斷有：癌性腦膜炎，急性梅毒性腦膜炎，特別是不完全治療的病例，弓形蟲病和豬囊蟲病，李司忒菌（Listeria）腦膜炎，中樞神經系統類肉瘤，白塞（Behcet）病，紅斑狼瘡，肉芽腫性CNS血管炎和感染性心內膜炎造成腦膜炎。