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    中醫學在其形成發展的歷史過程中，融合了大量的中國傳統文化的內容，許多哲學流派、經學流派，無不在中醫學的歷史上留下痕跡；中醫學形成和發展，處于宏觀認識客觀事物的知識背景和氛圍、故只能呈現宏觀優勢和微觀劣勢；中醫學的臨床療效與醫生個人的思維技巧及能力密切相關；中、西醫藥的認識研究方法不同，形成了醫學藥學的兩大流派。

    認識基礎不同

    中醫是建立在形象思維基礎之上，像“象形文字”一樣，采用“三維空間”思維，上至宏觀天體運行、地理環境（**，五運六氣學說）；中至人體系統（臟腑等學說）；下至微觀“宇宙統一場”“人體生物場”（五運六氣，經絡學說），利用人體的直覺、體驗找出三個系統之間的內在聯系，并在此基礎上建立了防病治病學說。

    西醫發展建立在形式邏輯基礎之上，采用“二維空間”思維，利用抽象思維和試驗，建立了對人體局部功能，病因和治療方法的認識。

    觀察方法不同

    中藥則是通過人體直接“感悟”，對“宇宙統一場”“人體生物場”及微觀物質“氣”有所認識，并建立了與宏觀天體、人體有形系統、動植物等藥物在內聯系基礎上的經驗總結。西醫藥是利用解剖、分解、分析等方法在顯微鏡下觀察微觀物質的經驗總結。

    中西藥功效認識途徑不同

    中藥是“神農嘗百草”開始的，不僅體驗對局部疾病療效的認識，也體驗了對人體整體陰陽平衡的作用，建立既考慮局部治療功效，又考慮整體平衡的“君臣佐使”的中醫藥理論體系。

    而西藥功效是從實驗室開始通過動物試驗，臨床觀察取得對局部疾病治療作用的認識。

    中西醫藥認識過程不同

    中醫發展強調“無為”，盡量不用主觀影響客觀。是一個從客觀經驗累積到主觀結論總結的過程。西醫發展是與西方科學技術發展同步的，是先設立“假說”，通過推理、試驗、驗證“假說”成立，得出結論，是一個從主觀判斷到客觀檢驗的過程。